2000年学校被教育部列入JSPS-MOE中国环境核心大学，2007年9月，承办了中日核心大学项目交流第13、14届年会。2000年开始，与德国特里尔应用科技大学互派留学生，2005年10-11月宁平带领15名优秀本科生到德国访问；2007年10月马丽萍、2008年11月宁平和张德华分别带领二十余名本科生到德国交流访问，2009年德国16名本科生到学院交流访问。

学院积极承办各种国际和国内大型学术会议，为师生搭建与国内外同行和兄弟院校进行学术交流的平台。2000年10月，承办第八届全国大气环境学术会议；2012年10月，承办“第七届大学环境类课程报告论坛”，全国各高等院校环境类400多位专家学者、教师代表出席会议；2014年5月，承办“持久性有机污染物论坛2014暨第九届持久性有机污染物全国学术研讨会”（简称“POPs论坛2014”），来自国际相关机构、国内科研院所、政府管理部门和行业企业的代表，以及日本、中国台湾等地区的特邀专家共计300余人出席了论坛；2015年12月，由我院承办的第十七届海峡两岸环境保护研讨会在昆明举行，来自两岸十余家大专院校、科研院所、海外华人环境保护学会的200余名专家学者参加了会议，其中海外及台湾来宾70余人；2017年11月10日，由我院承办的2017年中国博士后“环境污染过程、健康风险与修复管理”学术论坛在昆明举行。出席此次论坛的博士后36人，特邀专家学者20人，参会人员总数近300人，大会完成主题报告21个；2018年7月6至8日，由我院承办的“有机质与环境学术交流暨2017年度国家环境基准管理工作年度总结会”在昆明举行，来自University of Massachusetts、Hampshire College、北京大学、南京大学、中国科学院和中国环境科学研究院等国内外知名科研院所近200人参加了大会，大会完成主题报告32个。

学院与国内外著名大学和科研机构开展了广泛而深入的交流。近年来有多位国内外著名专家、学者前来我院访问讲学，让广大师生了解国内外环境科学与技术的发展动态。

重学生科研能力训练，开展多种形式的学术交流。与国内外高校开展联合培养，如与美国麻省大学、清华大学等联合培养博士研究生；实施优秀本科生国际交流项目，学生前往美国进行为期一年的交流；学生前往国内高水平大学（华南理工大学、东北大学）进行为期一年的交流等。在中国教育部（MOE）、德国学术交流基金会（DAAD）、日本科学技术促进会（JSPS）和云南省政府的支持下，学院先后与德国凯泽斯劳藤大学、美国麻省大学、英国剑桥大学、德国卡尔斯鲁厄大学、瑞士联邦工学院、日本东京大学、京都大学等高校建立了合作关系，互派教师和学生参加学术交流。

实施校企联合，增强学生的工程实践技能。通过西部典型行业环境污染控制协同创新中心、卓越工程师培养计划等，已与云南省环境科学研究院、云南省设计院、昆明钢铁股份有限公司、北控集团水务有限公司等单位签订了实习、实训协议。